《機動戰(zhàn)士高達F91》的電影版于1991年3月16日上演，影片描寫0123年3月16日至3月30日“克洛斯邦·卡多動亂”（Crossbone Vanguard）時期的故事。U.C.0123年3月16日，殖民衛(wèi)星FRONTIER SIDE遭到自稱C.V（死亡先鋒）的迷之MS部隊襲擊，造成FRONTIER Ⅳ的 500 多居民死亡、 14 萬人避難。 在避難的人群中GUNDAM F91開發(fā)者之一梅凌·亞諾博士的對子女西布頓（—ブック アノ—）、麗詩，以及拿家族的次女貝·羅拿，又名茜莉·費爾齊。羅家族是 C.V的領導者，提倡貴主義并欲統(tǒng)一殖衛(wèi)星、建立宇宙比倫空中花園。茜莉的母親娜迪不滿于家族的束而和一名叫史?費爾齊的下人私，當她發(fā)現(xiàn)史奧劣的人格后又拋自己的女兒不知蹤。當西布頓等來到碼頭，在其洛士尼·亞諾的領下登上小型穿機時，茜茜莉在養(yǎng)父史奧的脅迫，離開西布頓和己的哥哥度雷一返回羅拿家。逃FRONTIER Ⅰ的西布頓一行，遇到了聯(lián)邦軍練習船艦“宇宙舟”。3月19日至22日，C.V開始進攻FRONTIER Ⅱ、 Ⅲ并將其壓制。為缺少人手，西頓他們被拉入聯(lián)軍幫忙，也因此現(xiàn)其母親開發(fā)的F91 亦在此方舟內(nèi)（采用了生物腦的F91，事實上是專為NEW TYPE設計的）。 麗詩還替機械師解答了母親在F91生物電腦中留下的迷題， 這使得每啟動一次就出故障的F91終于被完成了， 又因“宇宙方舟”只得比基特一位駛員，故西布頓推上 F91的駕駛艙，他的NEW TYPE能力也開始漸漸地覺醒。另一方面，回羅拿家的茜茜莉到祖父馬爾捷的烈歡迎，并想讓成為宇宙巴比倫中花園的女王。祖父一番剖白打的茜茜莉剪去長打算留在羅拿家并開始學習駕駛MS，教她駕駛MS的查貝尼（C.V 中最強的“黑之部隊”隊長）大學現(xiàn)茜茜莉也是NEW TYPE。3月26日，C.V的最高指揮官鐵面（茜茜莉的父，原名卡羅素，妻子和別人私奔戴上面具遮丑，是強化人類）在FRONTIER Ⅳ發(fā)表宇宙巴比宣言。 而西布頓亦趁機潛入羅拿的別墅，欲帶走茜莉未果，反而累了自己的父親回到“宇宙方舟，和分別多時的親相遇，不免責其母拋下他和麗埋頭于工作中。西布頓和他的母盡釋前嫌時，茜莉的母親娜迪亞逼著史奧帶她去自己的女兒，并茜茜莉離開羅拿。不聽母親勸告茜茜莉揚長而去此時娜迪亞發(fā)現(xiàn)在她身后的史奧被鐵假面所殺，接著自己也被C.V的士兵抓了起來。3月30 日， 不知情的茜茜莉與查貝尼一起奉佯攻FRONTIER Ⅰ，而鐵假面則帶著他的艦占領FRONTIER Ⅰ的能量供應裝置替其秘密器“巴克”提供源。查貝尼的部瑪安娜.布爾芝因嫉妒其上司對茜莉的過分關懷而戈，投奔“宇宙舟”，和西布頓人一同迎擊C.V 的“黑之部隊”。當安娜瑪麗的MS被查貝尼擊中后，西布頓亦尸山茜莉的MS交鋒，所幸最后兩人認出對方，茜茜莉回西布頓的身邊。黑之部隊”撤退不久，鐵假面的艦上便放出大量巴克”進入衛(wèi)星?！鞍涂恕笔且?專門用來殺人的器，它能感應人波長而上天入地衛(wèi)星中的居民全殺死！西布頓、茜莉和比基特三奮力抵抗“巴克，卻沒有多大效，比基特當場陣。西布頓和茜茜設法將“巴克”引到狹窄的通道令其相撞，然后炸毀了生產(chǎn)“巴”的船艦?；氐?艦上的查貝尼，曉鐵假面瞞著他總帥馬爾捷制造“巴克”并企圖此將月球和地球居民全部抹殺之后，立刻將鐵假的副官處死，并余下的C.V部隊撤離FRONTIER Ⅰ。覺察到茜茜莉背叛的鐵面惱羞成怒，駕著最新的MA“拉夫烈西亞”追擊茜莉和西布頓。斗初始， F91和茜茜莉駕駛的維拿.基拿在拉夫烈西亞的強大力下毫無還手之力比維拿.基拿被擊毀，茜茜莉被鐵面抓出駕駛艙拋茫茫的宇宙。憤的西布頓發(fā)揮出F91 真正的力量，使出有質(zhì)量的像“分身”將鐵面打倒。戰(zhàn)斗結(jié)后，及時逃出FRONTIER Ⅰ的宇宙方舟緩緩向F91，查貝尼見宇宙方舟上搭著大量的難民，目睹到西布頓失落魄地四處尋找茜莉的樣子，便過他們帶著自己部下悄悄離去了西布頓在其母親指點下，運用NEWTYPE的感知能力， 終于找到了飄蕩在無盡空中的茜茜莉，兩相擁在一起，其悅之情不言而?