數(shù)年前，人類以超級戰(zhàn)“轟天號”，南極擊潰“哥拉”，并且將哥吉拉”封印地底下。但是球除了“哥吉”以外，還有許多多的怪獸對各大人類都虎視眈眈。于，人類成立了地球防衛(wèi)部”專門對付各種獸的入侵。而球防衛(wèi)部最強的成員，就是年封印哥吉拉“轟天號”以其艦長“道格斯·戈登上校。此外，為了付怪獸對人類成的困擾，地防衛(wèi)部特別甄了有特殊能力人類，這些“人類”擁有普人類所沒有的M染色體”，讓這些人類擁有普通人更強大體能跟敏捷性以應(yīng)付怪獸的擊，其中的佼者就是“尾崎一少尉”。就不久之前，人挖到一個巨大物的遺骸，而怪物擁有機械生物的本質(zhì)，疑能夠?qū)⑸?機械結(jié)合起來怪物應(yīng)該來自外太空。不久尾崎真一收到自嬰兒島“小人”的警告，個怪物是當(dāng)年“魔斯拉”給印的“蓋剛”蓋剛的出現(xiàn)代著人類的危機就在蓋剛出土久，世界各地然在同一時間遭受到了各大物的攻擊，一之間讓地球防部忙的焦頭爛。但是突然出的神秘飛行器卻將這些怪物部都帶走。這自稱“X星人”的外星來訪客聲明自己是人的朋友，要跟類建立起同盟系，更聲稱有個巨大的星球將撞上地球。是在尾崎真一有道格拉斯等的調(diào)查之下，現(xiàn)根本就沒有秘星球要撞擊球。而那些怪根本就是外星侵略地球所釋的，X星人根本是要把人類當(dāng)糧食來利用。然外星人的真目被揭穿，但外星人擁有不思議的超能力還有手下聽命外星人的巨大物。地球防衛(wèi)最后被殲滅，剩下轟天號還延殘喘著。此，道格拉斯想一個大膽的計，就是解開南哥吉拉的封印讓代表地球最大怪物的哥吉，去面對這些星來的侵略者....