某日，一群使用風遁之的空忍空襲火之國，無民眾和忍者遇害，形勢急。據(jù)綱手大人所言，群不速之客正是在第二忍者大戰(zhàn)中落敗的空之，如今他們懷著復仇之再次出現(xiàn)。卡卡西（井和彥 配音）等人則負責偵查空之團的老巢，鳴（竹內(nèi)順子 配音）、小櫻（中村千繪 配音）、雛田（水樹奈々 配音）受命組成三人醫(yī)療小隊協(xié)助名醫(yī)神農(nóng)（石塚運 配音）前往其徒弟雨琉的家鄉(xiāng)梁書治傷者。另一面，病入膏肓的大蛇丸知神農(nóng)的再生之術業(yè)已成，他命佐助（杉山紀 配音）前去尋找神農(nóng)。這也促成基山助和昔日伙宿命的重逢…… 本片為《火影忍者》第五部比翼版動畫?