正德十六年，武宗駕，朱厚熜即位，建元靖。李言聞被封為太院吏目。 李言聞好友吳藥師因治錯(cuò)小郡主病，被關(guān)入牢中。吳師臨終托孤，將女兒斯語(yǔ)許配給李時(shí)珍。 長(zhǎng)大后李時(shí)珍進(jìn)陽(yáng)明院學(xué)習(xí)，和荊王府世朱成翊成為同學(xué)。朱翊希望拉攏李時(shí)珍為己所用，卻被李時(shí)珍詞拒絕。朱成翊遂與時(shí)珍成了死對(duì)頭。 李時(shí)珍偶遇一個(gè)美麗的女朱萇葶，卻發(fā)現(xiàn)她象異常，命不久已。時(shí)珍給她治療多年頑，兩人產(chǎn)生愛(ài)慕之情一次偶然的機(jī)會(huì)，李珍發(fā)現(xiàn)少女居然是荊府郡主。 李時(shí)珍希望能考取功名，得個(gè)一半職，與萇葶也不是可能。朱成翊得知李珍趕考，便派人買通考官。 李時(shí)珍被考官誣陷舞弊，趕出考場(chǎng)李時(shí)珍心結(jié)郁積，一不起。 萇葶暗中派人送信與李時(shí)珍商量私，得不到任何回應(yīng)，望之余病情加重，也倒不起。荊王急忙下要李言聞替女兒看診可是李時(shí)珍命在旦夕李言聞根本無(wú)法離開(kāi)危急時(shí)刻，斯語(yǔ)出面承自己的藥膳是治療主的關(guān)鍵，立下生死，進(jìn)入荊王府救治萇。 成翊要求斯語(yǔ)留在自己身邊，在王府堯榮華富貴，被斯語(yǔ)拒。 李時(shí)珍終于和斯語(yǔ)完婚，并且跟英招父親式開(kāi)始行醫(yī)。李時(shí)珍過(guò)幾輪考試，終于進(jìn)太醫(yī)院。 此時(shí)朱萇葶拜道士陶仲文為師巫肦日沉迷于煉丹食丹不自拔；而藍(lán)行義則和成為楊妃的楊雪英勾，利用所學(xué)醫(yī)術(shù)，在宮興風(fēng)作浪；朱成翊來(lái)到京城，和嚴(yán)世蕃結(jié)一氣，貪淫無(wú)道；王和裕王爭(zhēng)奪太子之，嚴(yán)嵩和徐階兩派政斗爭(zhēng)激烈。李時(shí)珍卷這波瀾詭譎陰謀重重宮廷斗爭(zhēng)之中…… 李時(shí)珍發(fā)現(xiàn)萇葶體內(nèi)有中毒的跡象，于是勸萇葶暫停服丹，萇葶聽(tīng)，兩人發(fā)生激烈爭(zhēng)。 李時(shí)珍向嘉靖進(jìn)言，請(qǐng)求皇上別再服食藥，嘉靖大怒，駁回重修本草的提議。嘉吃了萇葶進(jìn)獻(xiàn)的長(zhǎng)生老丹藥，忽然病重暈。嚴(yán)嵩父子趁機(jī)把責(zé)推到李時(shí)珍身上，將下獄。 郡主查出其實(shí)始作俑者是朱成翊和世蕃采辦回來(lái)的假鹿。嚴(yán)世蕃將朱成翊推前面成為替罪羊。嘉將朱成翊斬首，荊王失愛(ài)子。 李時(shí)珍終于進(jìn)入太醫(yī)院禁地查找宗之死的真正原因，發(fā)現(xiàn)武宗之死竟是一巨大的陰謀，而且與靖有關(guān)……李時(shí)珍為南洗冤昭雪的想法成泡影。 郡主積毒已久，終于身亡。李時(shí)珍灰意冷，萌生去意。將全部精力投入到修草上，希望從此人們辨別真?zhèn)?，世間不再假藥害人。 李時(shí)珍回到蘄州，風(fēng)餐露宿，身試藥，為修本草收第一手資料。 當(dāng)年的倭寇小藤以商人身份找李時(shí)珍拜師學(xué)醫(yī)。時(shí)珍見(jiàn)其誠(chéng)懇，收留他。小藤發(fā)現(xiàn)《本草目》書稿，頓生賊心他趁李時(shí)珍不備，偷書稿。斯語(yǔ)阻止小藤雖保住了書稿，但不被殺害。李時(shí)珍悲痛絕。 萬(wàn)歷十四年前后，《本草綱目》編寫成，王世貞答應(yīng)為該寫序。萬(wàn)歷接到王世的上疏，下令讓李時(shí)進(jìn)京獻(xiàn)書?？烧?dāng)李珍準(zhǔn)備動(dòng)身之際，蘄附近開(kāi)始流行“天花，李時(shí)珍決定暫不進(jìn)，趕赴疫區(qū)為百姓治。劇照?qǐng)D冊(cè)2(11張)在李時(shí)珍等人的努力下，“天花”得到控?？衫顣r(shí)珍自己卻因度勞累病倒了。臨終，李時(shí)珍囑咐建元將本草綱目》進(jìn)奉于朝福澤天下后世。在幻中，李時(shí)珍仿佛看到本草綱目》被進(jìn)奉給上的情景。 三年后，李建元將《本草綱目進(jìn)獻(xiàn)給神宗。 神宗派使者將《本草綱目》往日本、朝鮮等地，我中華文明福澤世界