自2002年X檔案的六年后,前聯(lián)邦探員丹?斯科莉(吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾)調(diào)任某教會(huì)醫(yī)院擔(dān)任醫(yī)師,福斯·穆德(大衛(wèi)·杜楚 David Duchovny 飾)則過著隱居的生活,繼續(xù)著噓超然現(xiàn)象的關(guān)注。某天,F(xiàn)BI探員前來請(qǐng)求他們的幫助。原來一段魚婦間內(nèi)維吉尼亞州接連有數(shù)名子神秘失蹤,其中甚至括一名聯(lián)邦探員。由于父約瑟夫(Billy Connolly 飾)聲稱看到了犯罪畫面,此FBI希望對(duì)超自然案件有著豐富經(jīng)驗(yàn)的穆德斯科莉協(xié)助調(diào)查。然而著調(diào)查的深入,穆德和科莉卻發(fā)現(xiàn)案件的黑暗遠(yuǎn)超出他們的想象。這合作多年的搭檔面臨著大的考驗(yàn)……本片為同美劇的第二部劇場(chǎng)版?