柯南、灰原及少年偵隊成員步美、光彥、太隨博士這日露營完，繞道參觀西多摩市建于富士山前的日本一雙塔摩天大樓，毛小五郎恰也應(yīng)雙塔所者、他的學(xué)妹常盤美之邀，攜小蘭、園子加開幕典禮。美緒介下，他們認識以畫富山聞名的畫師如月峰、市議員大木巖松、塔的設(shè)計者風(fēng)間英彥森谷帝二的弟子，第彈《引爆摩天樓》中森谷曾向新一挑戰(zhàn)）天才程序員原。期間原的舉動異常。 大木提前入住B塔被害，目暮警官著手調(diào)查發(fā)現(xiàn)與美緒似有不同尋常系，不久原亦被殺害家中。因為現(xiàn)場都留與日本畫畫師作畫時用的乳缽相似的小酒碎片，兩起案件似系人所為。柯南由小酒聯(lián)想到灰原曾效力的以酒名為綽號的黑暗織，并注意到第二起件中碎片上未沾染血。與此同時他找到灰舉動異常的原因，卻?現(xiàn)她正被人追蹤。而子玩笑弄的發(fā)式令她極了雪莉（灰原）。 開幕酒會上，美緒向客展示如月最為寶貴富士山畫作時被殺，相正如橫亙在富士山中的雙塔的縮影圖，的身下也有一個小酒，不過卻是完好的。上一顆原本該呆在美脖子上的珍珠令柯南目光轉(zhuǎn)向如月。緊接A樓美緒公司電腦檔案所在的樓層及地下配室發(fā)生爆炸。逃亡時，柯南注意到正有一槍瞄準園子，心中給了所有疑問的答案，他及小蘭等人最迫切要解決的卻是如何從海逃脫?